Es gibt einige Patienten, die weder mit der Einen, noch der Anderen Operationsmethoden den gewünschten Erfolg erzielen. Es sind dies vor allem Menschen, deren Übergewicht vorwiegend durch den zu reichlichen Konsum von Flüssigkeiten und speziell süßen Getränken verursacht wird. Mit den beiden erwähnten Magenverkleinerungsoperationen haben solche Patienten unter Umständen einen Misserfolg, weil sie nach der Operation noch mehr auf Süßigkeiten wie Soft Ice und stark kalorienhaltige Getränke ausweichen, deren Aufnahme durch die Magenverkleinerungseingriffe nur wenig behindert wird. Solchen Patienten muss eventuell ein eingreifenderes Operationsverfahren angeboten werden, nämlich der so genannte Magen-Bypass.

Beim Magen-Bypass wird das Fassungsvermögen des Magens ebenfalls mit Hilfe einer Heftnaht reduziert, der Magen wird in zwei Teile getrennt. Es gibt aber bei dieser Methode keinen Ausgang in den Magen mehr, sondern der Dünndarm wird an einer Stelle durchtrennt und das eine Ende an eine Öffnung der Magentasche genäht, während das an kleinere Ende wieder mit dem restlichen Dünndarm verbunden wird, so dass eine Y-förmige Montage resultiert. Das Fassungsvermögen der Magentasche beträgt 45 bis 90 ml und der Magenausgang in den Dünndarm hat einen Durchmesser von etwa 1 cm. Bei dieser Methode gelangt also die Nahrung nicht wie bei den ersten beiden Verfahren verzögert in den Hauptteil des Magens, sondern überhaupt nicht. Der Magen wird umgangen und die Nahrung gelangt aus der kleinen Magentasche direkt in den Dünndarm.

Diese Operation verfolgt ein anderes Prinzip: Verdauungssäfte aus Bauchspeicheldrüse und Galle, welche zur Fettverdauung nötig sind werden so umgeleitet, dass sie erst weiter unten in den Darm gelangen. Damit wird erreicht, dass für die Fettverdauung ein kürzerer Darmabschnitt zur Verfügung steht. In der Folge wird gut 40 %  des mit der Nahrung aufgenommen Fettes nicht verdaut und somit ausgeschieden.  Es handelt sich um einen größeren und komplizierteren Eingriff, welcher auch eine längere Hospitalisation und eine höhere Komplikationsrate mit sich bringt.

Das Wirkungsprinzip des Magen-Bypass besteht darin, dass nicht nur die Nahrungsaufnahme beschränkt wird, sondern durch Süßigkeiten und süße Getränke ein so genanntes Dumping-Syndrom ausgelöst werden kann. Die Symptome des Dumping-Syndroms sind Schwächegefühl, Schweißausbruch, Blässe, Druckgefühl im Oberbauch, Übelkeit, Erbrechen und ev. Durchfall. Um diesen Beschwerden auszuweichen, sind die Patienten gezwungen, auf den Konsum von Süßigkeiten weitgehend zu verzichten.